در سال ۱۳۷۷ همزمان با تشکیل استان گلستان و جدا شدن این منطقه از استان مازندران، سازمان امور اقتصادی و دارایی استان گلستان از مازندارن منتزع گردید و با تعداد پرسنل محدود ادامه فعالیت نمود و در ابتدای سال ۸۱ طبق بخشنامه وزارت امور اقتصادی و دارائی به انضمام دستورالعمل و چارت تشکیلاتی اداره کل امور مالیاتی از اداره کل امور اقتصادی و دارائی جدا و به صورت جداگانه به فعالیت خود ادامه داد.
نهایتاً در مورخ ۸۱/۴/۱۰ اداره کل امور اقتصادی و دارایی استان گلستان به سازمان امور اقتصادی و دارائی استان گلستان که نماینده وزارت امور اقتصادی و دارائی در سطح استان می باشد ارتقاء یافت، هم اکنون این سازمان در شهرستان گرگان ابتدای خیابان پاسداران قرار دارد.